磨光機操作的關鍵是要設法得到的拋光速率，以便盡快除去磨光時產生的損傷層。同時也要使拋光損傷層不會影響后來觀察到的組織，即不會造成假組織。前者要求使用較粗的磨料，以提高/增加有較大的拋光速率來解決磨光的損傷層，但拋光損傷層也較深;后者要求使用細的材料，使拋光損傷層較淺，但拋光速率低。
解決這個矛盾的辦法就是把拋光分為兩個階段進行。粗拋目的是解決磨光損傷層，這一階段應具有的拋光速率，粗拋形成的表層損傷是次要的考慮，不過也應當盡可能小;其次是精拋(或稱終拋)，其目的是解決粗拋產生的表層損傷，使拋光損傷減小。磨光機拋光時，試樣磨面與拋光盤應平行并均勻地輕壓在拋光盤上，注意防止試樣飛出和因壓力太大而產生新磨痕。
同時還應使試樣自轉并沿轉盤半徑方向來回移動，以避免拋光織物局部磨損太快在拋光過程中要不斷添加微粉懸浮液，使拋光織物保持一定濕度。
濕度太大會減弱拋光的磨痕作用，使試樣中硬相呈現浮凸和鋼中非金屬夾雜物及鑄鐵中石墨相產生"曳尾"現象;濕度太小時，由于摩擦生熱會使試樣升溫，潤滑作用減小，磨面失去光澤，甚至出現黑斑，輕合金則會拋傷表面。為了達到粗拋的目的，要求轉盤轉速較低，不要超過600r/min;拋光時間應當比去掉劃痕所需的時間長些，因為還要去掉變形層。粗拋后磨面光滑，但黯淡無光，在顯微鏡下觀察有均勻細致的磨痕，有待精拋解決。
精拋時轉盤速度可適當提高，拋光時間以拋掉粗拋的損傷層為宜。精拋后磨面明亮如鏡，在顯微鏡條件下看不到劃痕，但在相襯照明條件下則仍可見到磨痕。磨光機拋光質量的好壞嚴重影響試樣的組織結構，已逐步引起有關的重視。國內外在磨光機的性能上作了大量的研究工作，研究出不少新機型、新一代的平面磨光機，正由原來的手動操作發展成為各種各樣的半自動及全自動磨光機。
